Matvælaráðuneytið samanstendur af þremur fagskrifstofum og tveimur stoðskrifstofum sem starfa þvert á ráðuneytið.
Fagskrifstofur matvæla, landbúnaðar og sjávarútvegs vinna að faglegum undirbúningi mála og tryggja að þekking starfsmanna sé nýtt og henni viðhaldið. Fagskrifstofurnar bera ábyrgð á lagaramma og regluverki þeirra málaflokka sem eru á þeirra forræði og vinna í samráði við stofnanir ráðuneytisins.
Stoðskrifstofur fjármála og sjálfbærni tryggja að ávallt séu til staðar stjórnunar- og fjárhagslegar upplýsingar til undirbúnings og stuðnings við ákvarðanatöku hjá ráðuneytinu og stofnunum þess.
Markmiðið þessa stjórnskipulags er að treysta stefnumótun og samræma aðgerðir og vinnubrögð við framkvæmd stefnu ráðuneytisins og ráðherra. Jafnframt felur stjórnskipulagið í sér eflingu á innri starfsemi ráðuneytisins með áherslu á markvissa stjórnun.
Verkefni ráðuneytisins eru skilgreind í forsetaúrskurði um skiptingu stjórnarmálefna milli ráðuneyta í Stjórnarráði Íslands.