Heilbrigðisráðuneytið tók formlega til starfa 1. janúar 2019 í samræmi við forsetaúrskurð nr. 118/2018 um skiptingu Stjórnarráðs Íslands í ráðuneyti. Ráðuneytið varð til þegar velferðarráðuneytinu var skipt í heilbrigðisráðuneyti og félagsmálaráðuneyti.

Verkefni heilbrigðisráðuneytisins varða sjúkratryggingar almannatrygginga, heilbrigðisþjónustu, lýðheilsu og forvarnir, lífvísindi og lífsiðfræði, líkt og nánar er tilgreint í forsetaúrskurði um skiptingu stjórnarmálefna milli ráðuneyta í Stjórnarráði Íslands. 

Heilbrigðisráðherra fer með yfirstjórn ráðuneytisins og ber ábyrgð á öllum stjórnarframkvæmdum þess.

Ráðuneytisstjóri stýrir ráðuneytinu undir yfirstjórn ráðherra.